本话一开始便把镜头给到了一艘名为“海马号”的船只那是人类用来开发海洋而制造的道具。赛文奥特曼的人间体“诸星团”的小女友“安奴”则在海边晒着太阳浴，海马号在海上进行着作业。就在这个时候一个名为真市的少年突然跑到安奴的身边！
少年趴在安奴旁边，指着海上的海马号，希望安奴说服船上的人停止开发海洋。这名少年警告安奴，如果海马号继续开发海洋，一定会出大事的。面对青少年的话，安奴感到困惑。就在安奴打算从青少年那里了解更多情况的时候，诸星团从海里捕鱼回来了。看着团里的到来，少年立刻跑了！
团很好奇，想知道那个突然逃跑的男孩为什么跑掉了，所以安奴把男孩说的话告诉了团。听了安奴的复述，团没有特别在意，安慰安奴，说：海马号只是在开发海洋，不会有什么事的。但让人意想不到的是，话音刚落，海上的海马号突然爆炸了！
奥特警备队非常重视海马号的突然爆炸，当队员们在总部讨论的时候，突然接到了海边那个神秘少年的电话。少年再一次警告 奥特曼警备队，不要继续开发海洋，因为海底是农马尔特人的，如果我们继续“入侵”海洋，农马尔特人一定会反击！
这位少年的电话让团很震惊。因为在团的老家“m78星云光之国”，大家真的把地球人叫做“农马尔特人”如果少年说的是真的，那说明农马尔特人也是土生土长的地球人。为了进一步了解事情的真相，团和安奴竭尽全力终于再次找到了少年。结果少年的话更让团吃惊，少年居然说农马尔特人才是真正的地球人。农马尔特人比人类更早在地球上生活，因为人类科技的不断发展，侬马尔特人搬到海底生活。
少年的警告并没有阻止人类对海洋的开发，于是农马尔特人派出章鱼怪和“核潜艇”对人类进行报复。面对怪物和核潜艇的双重打击，奥特警备队很快陷入了不利的境地，当团看到情况不妙时，立即计划转变为战斗。而就在团即将换人的时候，那个神秘的男孩又出现在团的旁边！
少年大声问团里为什么选择帮助人类。农马尔特人是地球上的原住民。人类占领土地后，现在想占领海洋。农马尔特人只是捍卫自己的领土有什么错？团的心也很纠结，但是经过一番心理斗争，团还是选择了变身战斗。男孩愤怒地大喊赛文是个混蛋，奥特警备队是个混蛋！
团成为赛文后，没花多少时间就杀死了章鱼怪兽。在赛文除掉章鱼怪兽的同时，奥特警备队也在海底找到了养殖马尔特人的基地。虽然队员也知道少年说的可能是真的，但最终还是在没有确认事实的情况下发射了几枚导弹，彻底摧毁了农马尔特人！从这个角度来看，赛文根本不是正义的使者。此时，人类显然是侵略者，但赛文仍然站在人类一边。
彻底解决了农马尔特人的问题后，奥特警备队团队成员仍在那里大喊：海床属于我们的，没有什么能阻止人类开发海洋。听着队友的胜利宣言，安奴沉默了！海底是人类的吗？地球是人类的吗？人类可能连土著都算不上，但在这里还在说这些傲慢的话。
在第42句话的结尾，奥特警备的队员来到海边庆祝战斗的胜利，但是团和安奴一点也不高兴。这时，团和安奴听到了少年们的喊叫声：“农马尔特人才是真正的地球人！”。团和安奴立即寻找声音，但没有找到声音来源的神秘少年，只找到了一位来到海边祭奠孩子的母亲。令段祺瑞和安奴，震惊的是，这个男孩的墓碑上写的正是这个神秘男孩的名字-真市！
看着男孩的墓碑，团和安奴又陷入了沉思。到底是农马尔特人控制了少年的灵魂，还是少年想为农马尔特人的不幸遭遇发声，农马尔特人真的是地球的先民吗？人类本身真的是侵略者吗？这些问题，随着农马尔特人的毁灭，似乎成了永远无法解开的谜，一直萦绕在团和安奴的心中。
作为昭和三大问题作之一的《赛文奥特曼》第42集《农马尔特的使者》来说，这一集展现了很多思考。作为奥特曼的团介入了人类和农马尔特人的自然斗争，人类为了开发资源、人类的自私等等而破坏海洋。在面临选择的时候，奥特曼也会有一种无力感，因为无论从哪个角度来看，奥特曼都会成为另一方的帮凶，而这种无力感和内容深度在供应的作品中是很难表达的，所以这一集的出现，或者说赛文和奥特曼的出现是很有意义的，而整个作品的深度也导致了赛文的失败
这一集的编剧金城哲夫也通过赛文奥特曼的作品喊出了当时日本社会的一个严重问题，冲绳问题，二战后冲绳被美国军方控制，所以当冲绳回归到日本、冲绳人的出于种种原因，没有被日本社会所接受，金城哲夫的梦想是成为冲绳和日本之间的桥梁。可惜金城哲夫在37岁那年醉酒失足而死，但他的思想永远留在了赛文奥特曼之中。
